Problem autonomii uniwersytetu sprowadza się między innymi do relacji nauki z państwem i polityką. Mnie w tym obszarze szczególnie bliskie są poglądy Karla Jaspersa. Wskazywał on, że uniwersytet zawdzięcza istnienie światu politycznemu, państwo chce uniwersytetu, ponieważ wie, że jeśli gdzieś w czysty sposób służy się czystej prawdzie, to tym samym wspiera się byt samego państwa. Jednak Jaspers dostrzegał także, iż państwo, które nie toleruje jakiegokolwiek ograniczenia swej władzy, ale raczej odczuwa lęk przed skutkami, jakie dla jego potęgi mogą mieć czyste badania zmierzające do odkrycia prawdy, nigdy nie będzie tolerowało istnienia prawdziwego uniwersytetu. Gdy na uniwersytetach toczy się walka polityczna, szkodę ponosi idea uniwersytetu. Państwo wydziela przestrzeń uniwersytetom, w której prowadzi się czysto merytoryczne badania. W badaniach natury człowiek, jego ducha i jego dziejów uwzględniać należy wszystkie możliwości dające się pomyśleć nie tylko jako prezentacja niebowiązujących gierek i pomysłów, ale jako ciągłość duchowych dzieł. Nawet w czasach barbarzyńskich należy chronić to, co w lepszej chwili będzie mogło się rozwinąć z korzyścią dla szerokiej publiczności (K. Jaspers, Idea uniwersytetu, Warszawa 2017). Te słowa moim zdaniem – powinny stanowić punkt wyjścia dla analizy pojęcia autonomii. Wielki myśliciel niemiecki zwrócił uwagę na to, że wolność uniwersytetu potrzebna jest do badania prawdy; wskazał też, że państwo, które chce mieć nieograniczoną władzę, nie będzie tolerowało prawdziwego uniwersytetu.
Wolność prowadzenia badań naukowych to jeden z aspektów autonomii uniwersytetu (szkoły wyższej), obok np. aspektu organizacyjnego/instytucjonalnego. W piękny sposób idea autonomii uczelni i nauki wyrażona została w polskiej ustawie z dnia 13 lipca 1920 r. o szkołach akademickich, gdzie w art. 6 wskazano, że „szkołom akademickim przysługuje prawo wolności nauki i nauczania. Każdy profesor i docent szkoły akademickiej ma prawo podawać i oświetlać z katedry według swego naukowego przekonania i sposobem naukowym wszelkie zagadnienia, wchodzące w zakres gałęzi wiedzy, których jest przedstawicielem; tak samo ma zupełną swobodę w wyborze metod wykładów i ćwiczeń”. Zauważyć można że ustawa ta uchwalona została w niezwykle gorącym okresie, w którym nie wiadomo były, czy Polska będzie istniała. Skoro jedna ustawa ta w takim momencie została uchwalona, to świadczy to o znaczeniu, jakie do szkolnictwa wyższego (a więc i do autonomii szkół wyższych) przywiązywali wówczas sprawujący władzę.
Powrót do takiego widzenia autonomii nie jest niestety możliwy. Wiąże się to z wieloma czynnikami, w tym politycznymi, ale także finansowymi.
We współczesnym świecie wszystko – niestety – podporządkowane jest pieniądzom. W związku tym premiuje się osoby, które uzyskują np. granty albo inne środki finansowe na „swoje” badania. Pytanie jednak, czy są to „swoje własne” badania. Grantodawcy przecież dają granty na prowadzenie badań w określonym obszarze. Stąd też system grantów/wsparcia finansowego ogranicza – w wielu przypadkach znacząco – wolność badań. Pieniądze dostają bowiem osoby, które prowadzą badania właśnie w tych promowanych obszarach. Oczywiście, system grantów powinien się ostać, jednak nie może być głównym źródłem finansowania nauki. Jeżeli by tak się stało, wówczas idea prawdziwego uniwersytetu byłaby tylko historią. Naukowiec nie powinien martwić się o pieniądze, nie powinien pisać skomplikowanych wniosków o przyznanie dofinansowania; on w tym czasie powinien prowadzić badania. Perspektywa nauki skierowana na pieniądz łączy się niestety nie tylko z ograniczeniem wolności (autonomii uczelni), ale także z upadkiem idei uniwersytetu.
Wolności i autonomii nie sprzyja także „powiązanie nauki z biznesem”. W wielu dyscyplinach jest ono bardzo potrzebne i nie należy go ograniczać. Pamiętać jednak należy, że naukę uprawiać należy nie tylko wtedy, gdy jest „przydatna dla biznesu”. Dla biznesu, który tę naukę mógłby finansować. Biznes zaś nie będzie finansował badań dla niego nieprzydatnych.